L'huile essentielle de Cèdre de l'Atlas est surtout connue pour ses propriétés toniques, apaisantes et lipolytiques. Purifiante, elle aide également à dégager la respiration. Son odeur fine et boisée invite par ailleurs à la méditation. En olfactothérapie psycho-énergétique, on utilise l'huile essentielle de Cèdre de l'Atlas pour stimuler la force et le courage, propres à ce roi de la forêt. Elle est aussi très préconisée pour aider à se libérer des toxicomanies et addictions.
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En massage, quelques gouttes diluées dans une huile végétale en application locale.